Os primeiros restos da cultura material das comunidades prehistóricas das que se ten noticia en Fene son instrumentos líticos, datados no Paleolítico Medio, que foron atopados na zona litoral da parroquia de Maniños.

O territorio do actual concello de Fene documentou unha intensa ocupación como evidencian os campos megalíticos do Campo da Arca e a abundancia de asentamentos castrexos que foron intensamente romanizados. Vestixios desa romanización son os restos dunha factoría de salgadura en Vilar de Coto (Limodre).

A primeira mención documental na que se referencian os territorios do concello é unha escritura de 1040 na que se menciona Fene e un preito de 1100 que nomean a "Xoan", párroco de Sillobre, e Ordoño de Fene por motivo dunha retesía entre Santiago e Mondoñedo pola posesión do arciprestado de Bezoucos.

Baixo o dominio da casa de Lemos

Durante a Idade Media as terras de Fene foron cedidas en doazón ao mosteiro de San Xoán de Xubio e, a finais do século XV, pasaron a mans da liñaxe dos Andrade e, posteriormente, foron incorporadas á casa de Lemos.

Xa no Antigo Réxime, Fene estivo baixo xurisdición de Pontedeume, dentro da provincia de Betanzos, e mantívose baixo o dominio dos señores de Lemos.

Fene institúese como municipio da man das Cortes de Cádiz de 1812 e, no actual termo municipal, creáronse tres concellos: Fene, Maniños e Barallobre. Tras a súa disolución en 1823, haberá que agardar a 1835 para que se recoñeza Fene outra volta como concello, integrando xa as parroquias dos anteriores municipios de Maniños e Barallobre.

Fene no século XX

Sen dúbida ningunha o feito local fenense máis relevante do século XX foi a creación da factoría naval de ASTANO en Perlío en 1941. Orixinariamente, o estaleiro dedicouse á construción de pequenos buques pesqueiros de madeira, para transformase, en 1944, nunha Sociedade Anónima, acrecentar os seus capitais, e ampliar as súas actividades cara á construción de buques de maior calado.

A partir de 1963 o número de traballadores de ASTANO medrará rapidamente e producirase unha gran modernización dos seus sistemas de traballo até converterse nun dos principais estaleiros do mundo especializdos na construción de petroleiros de 300.000 toneladas. En 1975, a factoría incorporarase ao grupo de empresas dependentes do Instituto Nacional de Industria.

A década dos anos oitenta estará marcada pola reconversión do sector naval que se avivará a partir de 1984. A primeira ASTANO foi, posteriormente, absorbida polo grupo Izar (actualmente Navantia), que chegou a ser o noveno grupo de construción naval do mundo e o segundo de Europa, é tras a fusión dos estaleiros españois públicos civís de `Astilleros Españoles´(Cádiz, Juliana, Manises, Astano, Puerto Real, Sestao, e Sevilla) e militares de Bazán (Ferrol, Cartagena, e San Fernando).